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Il ne fait aucun doute que le terroir de Saint Paul ait été habité de longue date par des communautés humaines. Il est fort probable que les nombreuses grottes creusées par les flots de la Durance ont abrité l'homme. Le riche matériel paléolithique et néolithique relativement important découvert : outillages de Silex, pierres polies, os façonnés et d'abondants débris de poteries nous font remonter jusqu'à ces époques très lointaines.
0n re trouve ensuite les traces d’habitats par la découverte en 1906,1964 et 1975 d’un ensemble cimetière allant du premier âge de fer ( VIeme Siècle Av. J.C.) à l'époque des invasions barbares à la cité de la Grande Bastide (actuellement dans l'enceinte du Centre Nucléaire près de la ferma de la Grande Bastide). Des travaux de fouilles ont permis la mise à jour d’une nécropoles d’époques Gallo-romaines et barbares. 0n y remarque différents types de tombes de ces époques. 0n en a répertorié plus d'une centaine mais seulement 1/10eme a été fouillé. 0n y a trouvé un matériel assez riche de vases, d’assiettes, de céramiques et de verres.
En 1932, M. Gentilhomme nous a apporté le témoignage indiscutable d'une occupation humaine organisée dans les collines à l'entour de Saint Paul plusieurs millénaires avant notre ère, par la découverte d'un oppidum Ligure protégé sur la presque totalité de son périmètre par une falaise abrupte. Une chapelle romane construite sur les vestiges du vieux village et aujourd'hui disparue a légué au site celui de son patron : San Peyre. (Saint Pierre)
Plus tard, lorsque la sécurité fut assurée par les légions romaines, ces populations descendirent de leur nid d'aigle vers la vallée nourricière et s'installèrent au lieu dit Les Capelles. En effet, on a trouvé, pour preuve de cette affirmation, les premières traces de cet habitat sous forme d’écrits laissés par les Consuls de la Communauté qui mentionnaient sur le cahier des délibérations le septième jour d'octobre 1729 que : « la chapelle Notre Darne de Peycabriés, ancienne église paroissiale de l'ancien village menace ruine à la muraille de devant et que cette démolition doit être, pour le bonheur du lieu, entretenue……… » Le seul fait de désigner cette chapelle par le nom de « paroissiale », appellation généralement dédiée à l'édifice central du billage, démontre bien qu'il y ait eu une agglomération en ce lieu. La rumeur publique nous rapporte que les pierres de cette chapelle ont, par la suite, servi à la construction de la bergerie située aujourd'hui rue des écoles (La Berge Rie)
M. Gentilhomme découvrit aussi au lieu bit « Les Couvents » non loin d'un ancien bâtiment des templiers, les traces d’une riche villa Gallo-romaine qui offrit quelques matériaux du Haut Empire et une pièce d'argent de l'empereur Maximilien (235-238 après J.C.)
En 1964 M. Pouyé a reconnu, là, l'emplacement d’une villa Gallo-romaine qui fut bâté au 1er siècle après J.C et détruite à la fin du IVeme siècle. Elle comportait une installation de bains chauffés par hypocauste. Cette villa était située non loin de la voie romaine d’Aix à Riez (via Riae), route protohistorique améliorée et dallée par les Romains.
La fondation de Saint Paul à l'emplacement actuel est très probablement due aux Romains qui avaient installé, sur les bords de la rivière de Durance, un port fluvial destiné à réguler le transit par flottaison du bois et des marchandises provenant des Alpes et à destination des villes du delta du Rhône, de Massilia, d’Arelate et même de Rome. Il ne faut pas oublier qu'à l'époque il n'y avait pas de chemin qui donnait un accès direct sur la rive sub-est de la Durance en aval des collines qui forment la cluse de Mirabeau. Pour se rendre dans le delta, il fallait emprunter « le chemin de la Colline » qui permettait après une rude ascension de joindre la Commune de Jouques ou la via Riae escarpée et très peu sûre. Elle passait, en effet, à quelques lieues de là, à l'intérieur des terres (Mourre-Frais, La Castellane et Jouques et le Delta) faisait de cette rive élevée une enclave peu fréquentée et très propice à l'implantation d'une cité pour les Servants du port.
Quant au port, il présentait un grand intérêt et une grande sécurité puisqu'il se trouvait à l'abri des crues du fleuve réputées dévastatrices. Ne dit-on pas que : « le Parlement, le Mistral et la Durance sont les trois fléaux de la Provence ? ». Le coude formé par le fleuve favorisait la récolte de la flottaison emportée par le courant qui venait battre contre la rive de tuf.
Au XIIIeme siècle, la population qui n'était composée, il est vrai, que de quelques feux prit son essors lorsque furent installés les bateaux-passeurs vers le rocher de Saint Eucher qui ouvrait l’accès à Mirabeau où on pouvait, à nouveau, traverser le fleuve pour se rendre vers le delta et Aix
Le territoire actuel de la commune est composé des terres de l'ancien Marquisat de Saint Paul et des terres du domaine e Cadarache (ou Cadoroche ou encore Cataracta et Cadaraïa) propriété à l’époque des Seigneurs de Valbelle. Le domaine fut confisqué à la révolution française et rattaché à la commune dont il dépendait administrativement depuis longtemps à la Suite d'une décision de l'assemblée Nationale et de l'avis du Directoire du District d'Aix en date du 21/03/1791.
La commune nommée, un temps très court, il est vrai Saint Paul le Fougassier, fut probablement appelée ainsi, par référence aux deux besants d'or apposés sur son blason qui ressemblaient à deux fougasses fabriquées en ce lieu et dont la réputation avait franchi les limites de l'agglomération. Durant la révolution, qui se fit un devoir de faire disparaître tous les signes religieux et nobles, il fut appelé «Port de Durance ou encore Paul de Durance. Ce n'est qu'au début du XIIeme siècle qu'il reçut le nom de Saint Paul lez Durance ( « lez » ou « lès » signifiant en vieux français : à côté de…)
En 1379 existait au pied bu château de Cadarache un village en ruine et abandonné par ses habitants. Cependant, le terroir pouvait produire en abondance du blé, du vin et des fruits et le domaine continua à être exploité au titre du domaine royal. 0n retrouves les traces d'un droit d'albergue pour Cadarache qui était fixé à 5 livres. Mais, depuis 1370, la reine Jeanne avait autorisé Georges de Montmal, alors possesseur de Cadarache, à ne plus payer l'albergue puisqu'il n'y avait plus personne au village et donc plus d'auberge. Le droit d'albergue qui était une imposition comtale était resté à ce taux de 5 libres au moins depuis 1250 et durant tout le XIVeme siècle. Cela tendrait à prouver que jusque là, Cadarache avait une population relativement nombreuse capable de payer la moitié des 5 livres. Au XIVmt Siècle, si le village était en ruine, le château, au contraire, était en très bon état. Le château ainsi que le village était entouré de murailles de protection. Le château fut détruit à la fin du XIVeme siècle et reconstruit à la fin du XVeme Iil y aurait eu trois chapelles dont une munie de fortifications à l'intérieur du castrum de Cadarache nous disent les écrits. La principale était placée sous la protection de Saint Michel et relevait de l'abbaye de Saint André d’Avignon. Nous savons qu'en 1452 Catherine de Montmal avait fondé une chapellerie dans l'église de Saint Michel de Cadarache. De ces diverses églises, et des habitants, il ne reste plus rien, tout a disparu sans laisser de traces à l’exception d’une des chapelles. De façon ininterrompue le domaine de Cadarache appartint à d'illustres familles mais, il ne fut qu'exceptionnellement la résidence principale d'un grand Seigneur. Au XVIIeme siècle, le domaine passa entre les mains des Vabelle, riches commerçants marseillais, qui en héritèrent le 24/08/1619 à la suite d'une bette non remboursée de 30 000 livres.
La terre de Saint Paul était, aussi loin que nous puissions en connaître son histoire propriété d'un brigand nommé Cadelet des Amènes. Il fut dépossédé de ses terres par suite de ses meurtres et de ses rapines. Le domaine fut confié à Raymond Béranger qui, à la mort de Cadelet des Amènes le transmet au Sieur Périssol. A la mort de ce dernier, le fief tombe bans le domaine royal et est inféodé le 25 mars 1340 par la reine Jeanne à Raymond d’Agoult comte de Sault et seigneur de la Tour d’Aigues pour en faire une défense avancée et permettre à l'armée royale de soutenir la guerre de Lombardie et du Piémont. Les d'Agoult conserveront le domaine jusqu'en l'an 1576. Par suite de testaments, de successions et de mariages le domaine parvint aux familles des Cabre et des Thomassin, des Valori et, pour en finir, le 24/11/1921 à Anne Marie, Joséphine, Françoise, Gabrielle Bosset Roquefort duchesse d'Arbaub de la Hamède. Cette dernière le vendit par fractions à la commune de Saint Paul.
Aujourd'hui Saint Paul est composé de 792 habitants. Jadis, commune essentiellement agricole, elle est devenue le fief de l'atome par suite de l'implantation sur son sol du Centre d'Études Nucléaires de Cadarache (C.E .A.). Le percement du canal E.D.F a fini par transformer radicalement sa topographie et sa morphologie au point d'en faire une presqu'île intérieure et de la priver de presque toutes les terres agricoles. Tous ces aménagements l'ont convertie en lieu de travail de quelques 5000 ingénieurs, techniciens et ouvriers du C.E.A. ou d'entreprise venues du monde entier. Le château de Cadarache restauré est devenu une hôtellerie pour recevoir les étrangers venus en stage au C.E.A.
Saint Paul est le lieu de naissance des surgénérateurs (Phœnix) et des propulseurs nucléaires de la marine nationale et civile ce qui justifie un Centre Marine Nationale qui forme les servants des générateurs nucléaires propulsant les sous-marins nucléaires.
Située aux confins du département des Bouches du Rhône, la commune Se trouve être la frontière des départements du Var, du Vaucluse et des Hautes Alpes. On peut Se demander comment elle a pu être rattachée au département des Bouches bu Rhône dont elle est séparée par des obstacles naturels importants tel que la chaîne de collines de Vautubière et la cluse de Mirabeau. Ces liens administratifs persistants ont, aujourd'hui encore, présidé au rattachement de la commune à la communauté du Pays d'Aix.